Urodził się 19 sierpnia 1891 roku w Jarosławiu, najstarszy z braci Wagnerów, syn Leopolda i Honoraty z Jaworów. Po ukończeniu gimnazjum w Krakowie został absolwentem Wydziału Humanistycznego Uniwersytetu Jagiellońskiego i Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie (1926). Członek „Sokoła”. Następnie pracował jako artysta malarz w gimnazjum w Krakowie, potem w Mielcu.
W okresie międzywojennym ukończył Szkołę Rezerwy przy 20. Pułku Piechoty Ziemi Krakowskiej, kilka razy brał udział w ćwiczeniach wojskowych. W 1920 roku w sztabie 1. Dywizji Piechoty. W 1921 roku mianowany podporucznikiem ze starszeństwa. Należał do kadry Okręgu V Korpusu.
Żonaty z Zofią z Tomanków (zmarła w 1983 roku).
W 1939 roku powołany na front. Dostał się do niewoli sowieckiej w rejonie Zaleszczyk razem z bratem Marianem. Razem też trafili do obozu w Kozielsku.
Zdzisław Ludwik Wagner, jeniec obozu w Kozielsku, został zamordowany przez NKWD w kwietniu 1940 roku w Lesie Katyńskim, nr listy wywozowej 036/4 poz. 94 z dnia 16 kwietnia 1940.
Spoczywa na cmentarzu wojennym w Katyniu.
Pośmiertnie odznaczony:
- Krzyżem Kampanii Wrześniowej 1939 roku (1985)
- Medalem za udział w Wojnie Obronnej 1939 roku (1996)
W listopadzie 2007 roku decyzją Prezydenta RP awansowany został do stopnia porucznika.