Urodził się 30 kwietnia 1894 r. w Samborze. Był synem Rudolfa, profesora gimnazjum i Walentyny z Nowakowskich, młodszym bratem Jadwigi, Tadeusza i Władysława. Tadeusz Schantroch (tak sam pisał swoje nazwisko) był poetą, literatem a jednocześnie nauczycielem języka polskiego, m.in. w gimnazjum w Wadowicach, do którego uczęszczał Karol Wojtyła. W latach II wojny światowej działał w podziemiu. Aresztowany przez gestapo i wywieziony do Auschwitz, zginął tam wraz z współtowarzyszami z akowskiego oddziału. Drugi brat Zygmunta, Władysław, germanista, uczył języka niemieckiego w gimnazjum tarnowskim.
Zygmunt Szantroch do szkół uczęszczał w Tarnowie, gdzie w I Gimnazjum zdał w 1912 r. maturę z wyróżnieniem. W tym samym roku rozpoczął studia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Jeszcze w czasach gimnazjalnych należał do Drużyn Strzeleckich, gdzie przyjął pseudonim Zygmunt Zyblicz. 1 lipca 1913 r. otrzymał powołanie do wojska austriackiego z przydziałem do 56. Pułku Piechoty jako jednoroczny ochotnik. W październiku wyreklamowano go od służby. 16 sieprnia 1914 r. wstąpił do Legionów Polskich gdzie przydzielono go do służby sanitarnej przy Komisji Wojskowej Legionów Poslkich w Tarnowie jako „medyka”. (…)
W listopadzie 1918 r. zgłosił się do Wojska Polskiego; otrzymał stopień podporucznika służby sanitarnej. (…) Walczył w wojnie polsko-bolszewickiej. Od 1 kwietnia do lipca 1920 r. uczęszczał na kurs medyków wojskowych w Krakowie. Po kursie przydzielono go do Szpitala Okręgowego w Krakowie, w drugiej połowie sierpnia skierowano na front jako lekarza batalionowego 167. Pułku Piechoty, następnie zaś przeniesiono do 159 Pułku Piechoty. Armię opuścił w stopniu porucznika w 1921 r. Został wówczas bezterminowo urlopowany i przeniesiony do rezerwy.
W 1921 r. Zygmunt Szantroch powrócił na Uniwersytet, by kontynuować naukę. Podczas studiów zaczął pracować, najpierw jako demonstrator, a następnie asystent w Zakładzie Anantomii Opisowej Uniwersytetu. Po uzyskaniu absolutorium w 1922 r. poswięcił się badaniu anatomii układu nerwowego. W 1929 r. opublikował pierwszą ważną pracę naukową: artykuł Histogeneza zwojów nerwowych serca w „Rozprawach Polskiej Akademii Umiejętności”. (…)
4 kwietnia 1936 r. został nominowany na profesora nadzwyczajnego anatomii na Wydziale Lekarskim UJ. 1 maja mianowano go na stanowisko kierownika Katedry i Zakładu Anatomii Opisowej. Publikował w zagranicznych wydawnictwach medycznych, m.in. w „Anatomische Anzeiger”. W kwietniu 1939 r. fundacja Rockefellera wystosowała do Zygmunta Szantrocha zaproszenie do objęcia Katedry Anantomii na uniwersytecie w Toronto. Profesor jednak odmówił. (…)
We wrześniu 1939 r. profesor zgłosił się na ochotnika do wojska. (…) Wojenne dzieje kapitana możemy odtworzyć na podstawie relacji rodziny.
Po 17b września pod Tarnololem dostał się do sowieckiej niewoli. W Tarnopolu pracował w szpitalu miejskim jako lekarz-jeniec. Tam też spotkał spotkał swojego współpracownika w Uniwersytetu, docenta Jarosława Nowickiego. Docent wraz z kilkoma innymi współwięźniami przygotował ucieczkę z Tarnpola i zaproponował udział w eskapadzie profesorowi, który jednak odmówił. Dzień wcześniej NKWD ogłosiło komunikat, że lekarze będą zwalniani do domów i Zygmunt Szantroch dał wiarę tym zapewnieniom. Docent uciekł i przedostał się do Krakowa, gdzie zdał relację z pobytu rodzinie profesora. Następnego dnia po ucieczce grupy jeńców pozostałych w mieście lekarzy internowano wraz z innymi wojskowymi. W listopadzie 1939 r. zostali wywiezieni na stację kolejową w Podwłoczyskach, a następnie do Starobielska. (…) Ostatnia wiadomość nadeszła w pierwszych dniach kwietnia. Na karcie widniały słowa — „Czuję się dobrze, może wkrótce się zobaczymy”. Prawdopodobnie właśnie wtedy, w pierwszych dniach kwietnia 1940 r., w jednym z pierwszych transportów wywieziono kapitana Szantrocha do Charkowa i tam zamordowano. W spisie akt wywozowych starobielskiego obozu NKWD ZSSR jego nazwisko figuruje pod numerem 392/3706.