Urodził się 14 października 1892 w Ciborzu pow. Brodnica, syn Edmunda i Heleny z domu Pomierskiej. Ukończył Gimnazjum w Brodnicy, a następnie rozpoczął studia na Uniwersytecie w Berlinie.
W czasie I wojny światowej służył w wojsku niemieckim. Po jej zakończeniu tworzył w powiecie brodnickim polskie rady ludowe, a następnie przystąpił do Powstania Wielkopolskiego. Jako oficer Wojska Polskiego uczestniczył w przyłączeniu w styczniu i lutym 1920 Pomorza Gdańskiego do Polski oraz brał udział w wojnie polsko-bolszewickiej.
Po demobilizacji w 1921 kończył studia filologiczne na Uniwersytecie Poznańskim. W czerwcu 1923 zdał ostatnie egzaminy i uzyskał prawo nauczania w szkołach średnich języka niemieckiego jako podstawowego oraz języków: angielskiego i francuskiego jako przedmiotów dodatkowych. Od 1 sierpnia 1923 do końca lat międzywojennych pracował nieprzerwanie jako profesor w Miejskim Gimnazjum Matematyczno-Przyrodniczym im. M. Kopernika w Bydgoszczy. W roku szkolnym 1933/34 pełnił obowiązki dyrektora tej placówki.
W sierpniu 1939 został powołany do służby wojskowej w swojej macierzystej jednostce – 7 Pułku Artylerii Ciężkiej w Poznaniu. W nieznanych okolicznościach dostał się we wrześniu 1939 do sowieckiej niewoli.
Przebywał w obozie jenieckim w Kozielsku, skąd przesłał do rodziny list i pocztówkę. W kwietniu 1940 rozstrzelało go w Katyniu NKWD. Zwłoki zostały zidentyfikowane przez Komisję PCK w 1943 r. zaewidencjonowane pod numerem 4115.
Żona Witolda Bałachowskiego Barbara z domu Tyblewska oraz córki: Maria (1926) i Barbara (1935) mieszkały przed wojną w Bydgoszczy. Po zajęciu miasta przez Niemców zostały usunięte z mieszkania przy ulicy Kołłątaja, należącego do Bydgoskiej Spółdzielni Mieszkaniowej, której członkiem i aktywnym działaczem był Witold Bałachowski.
W 1940 wyrzucono je z kolejnego mieszkania i ostatecznie zamieszkały w pokoju na strychu podmiejskiego domku w dzielnicy Szwederowo. W czerwcu 1940 córka Maria, w obawie przed wywiezieniem na przymusowe roboty do Niemiec, wyjechała do Poznania, gdzie do końca okupacji pracowała jako pomoc domowa. Żona Witolda Bałachowskiego zajmowała się natomiast w Bydgoszczy szyciem mundurów wojskowych w ramach pracy chałupniczej. Żona Barbara zmarła w 1991 roku. Pochowana w Bydgoszczy. Córka Maria jest ekonomistką oraz urbanistką. Zamieszkała w Bydgoszczy