Urodził się 15 grudnia 1894 w Jarosławiu, syn Leopolda i Honoraty z Jaworów. Podobnie jak starszy brat, w 1913 roku ukończył krakowskie gimnazjum, potem wyemigrował do Stanów Zjednoczonych. Na wiadomość o wybuchu wojny i powstaniu Legionów wrócił do kraju i został legionistą.
Po wojnie studiował filozofię i rozpoczął służbę w Policji Państwowej, 1 lipca 1923 roku. został aspirantem. 1 czerwca 1924 roku został przeniesiony ze służby granicznej w powiecie wileńskim na zastępcę komendanta powiatu krakowskiego. W 1927 roku już jako podkomisarz awansował ze stanowiska kierownika II komisariatu w Krakowie na komendanta powiatowego w Makowie, a wkrótce potem na kierownika Wydziału Śledczego na powiat warszawski. W roku następnym został zastępcą naczelnika Urzędu Śledczego przy KW PP w Warszawie. W 1935 roku, będąc w stopniu komisarza, został przeniesiony z Urzędu Śledczego w Krakowie do Komendy Głównej Policji. Służył także w Nowym Sączu i w Łodzi. W 1937 roku został odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi. W 1939 roku trafił do Centrali Służby Śledczej.
Podporucznik mianowany ze starszeństwa 1 czerwca 1919. Przydzielony do kadry Okręgu Korpusu I.
We wrześniu 1939 roku nadkomisarz Marian Wagner brał udział w walkach. W rejonie Zaleszczyk dostał się do sowieckiej niewoli i wraz z bratem Zdzisławem trafił do Kozielska.
Pozostawił żonę Janinę (z domu Iglicka), która w 1944 roku została wysiedlona z Warszawy i znalazła się w obozie w Pruszkowie. Po wojnie zamieszkała w Krakowie, zmarła w Bielsku-Białej w 1991 roku w wieku 86 lat.
Jego syn, Jerzy, urodzony w 1925 roku, żołnierz Armii Krajowej, poległ w Powstaniu Warszawskim i został pochowany na Cmentarzu Powązkowskim.
Marian Wilhelm Wagner – jeniec obozu w Kozielsku został zamordowany przez NKWD w kwietniu 1940 roku w Lesie Katyńskim. Numer listy wywozowej 040/2 poz. 79. Spoczywa na cmentarzu wojennym w Katyniu.
Pośmiertnie odznaczony:
– Krzyżem Kampanii Wrześniowej 1939 r. (1985)
– Medalem za udział w Wojnie Obronnej 1939 (1996)
W listopadzie 2007 roku decyzją Prezydenta RP awansowany został do stopnia porucznika.